La Saga di Emerald ha come protagonista un personaggio non presente negli RPG ovvero Emerald un bambino basso il quale sceglie un look molto stravagante per sembrare piů alto. L'obiettivo di Emerald č quello di trovare Jirachi e sconfiggere gli Assi del Parco Lotta entro sette giorni, ad aiutarlo nell'impresa ci sarŕ la sua assistente Crystal. Ma un antagonista cerca di catturare Jirachi per utilizzarlo in malvagi scopi Guile Hideout. Emerald inoltre incontra Red, Green, Blue, Silver, Yellow, Ruby, Sapphire, Gold, Silver e Crystal.